სააგენტოს შიდა სტრუქტურული ერთეულების გარდა ინოვაციური სერვისების ლაბორატორია თანამშრომლობს სხვა სახელმწიფო, კერძო და საგანმანათლებლო დაწესებულებებთან და კვლევით ცენტრებთან:
- სახელმწიფო ორგანიზაციები
- გადაუდებელი დახმარების სამსახური 112 – შსს
- ფინანსთა სამინისტროს მომსახურების სააგენტო
- სახელმწიფო შესყიდვების სააგენტო
- მონაცემთა გაცვლის სააგენტო – იუსტიციის სამინისტრო
- საჯარო სამსახური ბიურო
- საქართველოს ტურიზმის ეროვნული ადმინისტრაცია
- კერძო ორგანიზაციები
- ლიბერთი ბანკი
- თიბისი ბანკი
- ადგილობრივი/საერთაშორისო ორგანიზაციები
- World Vision
- EdgeRyders
- Praxis
- ეკონომიკური პოლიტიკის ცენტრი
- სამეცნიერო/საგანმანათლებლო დაწესებულებები
- დიზაინის საერთაშორისო სკოლა
- ეროვნული სამეცნიერო ბიბლიოთეკა
